近年は国際輸送での競争力と国内外に張り巡らされた輸送ネットワークを活かし、企業の生産活動における各種輸送業務(原材料調達や製品輸送等)から倉庫での製品管理や作業に至る一連の物流事業の一括請け負い、海外生産拠点を設ける企業の国際輸送業務の拡大に力点を置いている。
元来、通運業者として企業向け貨物の大口輸送を得意としそれに付随して保管や荷役を請け負うと言った形で業務を展開して来た事もあり、こうした分野で日通は圧倒的な強さを発揮し国際的に業務を展開する日本企業や日本に進出している外資系企業を中心に物流業務を全面的に請け負う事で、コスト削減や物流拠点の集約化によるリストラを成功させている例も数多く、長い歴史を持った大手製造業から近年躍進の著しい新興インターネット通販業者に至るまで業種は幅広い。
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物流業界では「サード・パーティー・ロジスティクス」と呼ばれる物流事業の一括請負事業では、例えば製造業の工場や倉庫、流通業の物流センターなどの生産・出荷拠点に日通の事業所が同居し輸送や保管を一括して行っている事例も数多く見られ、企業向けの物流事業で実力を発揮している事を示す一例と言える。
また設立の経緯から公的部門の輸送業務にも強く、官公庁移転の際の引越し業務、政府や自治体など、公的機関の輸送業務(海外・国内の見本市や展示会など)を一括受託する事も多い。なお、政府や自治体から災害などの緊急事態の際に行われる救援物資緊急輸送業務に協力する、民間事業者の指定も受けている(有事法制)。
ヤマト運輸と日本通運を比較し、「一般消費者向け物流に強いのがヤマト運輸」・「企業間物流や国際輸送に強いのが日本通運」であると分析する識者も多い。しかしながら、主要な荷主(キヤノン、エプソン等)の相次ぐ撤退が続きこの分野においても、川下物流の弱さのためか、苦戦を強いられている。